히가시 대학 지진연에 따르면, 히나구 단층대는 구마모토현 마시기마치 기야마 부근에서 아시키타마치를 거쳐 야쓰시로 해남부에 이르는 연장 81킬로.지질구조 등의 특징에서 북쪽부터 차례로 고야·백기 구간(16㎞), 히나구 구간(40㎞), 야쓰시로 바다 구간(30㎞)으로 구분된다.

　히나쿠 구간은 단층을 따라 골짜기와 능선의 명료한 우측 편차가 있는 반면, 이번 지진 발생 영역 중 하나인 고야·백기 구간은 거의 수직인 단층면을 가지고 있다.후다가와 단층대는 북측이 저하되는 구조 경계로, 히나구 구간은 서쪽으로 저하된 구조, 고야·백기 구간은 복잡한 지하 구조를 하고 있다.구간별 단층 구조의 차이는 성숙도가 다르기 때문으로 여겨진다.히나쿠 단층대에서는 지금까지 많은 고지진 조사가 있어, 고야·백기 구간에서 1~1,200년전에 최신의 고지진이 있었다고 되어 있다.다른 두 구간에서는 최신 활동이 더 오래된 것으로 보인다.

　지진연은, 구마모토 지진의 대부분이 히나쿠 단층대의 고야·백기 구간을 따라 발생하고 있는 것처럼 보이고, 정확한 여진의 위치를 ​​확정하는 한편, 지표에 출현한 단층의 분포를 조사해 , 지진의 본질을 밝힐 필요가 있다고합니다.또한, 일부가 후다가와 단층대에서 발생하고 있다는 데이터가 있기 때문에, 이 점에 대해서도 해명해 나가야 한다고 했다.

　기상청은 14일 발생한 매그니튜드 6.5의 지진을 전진, 16일에 일어난 매그니튜드 7.3의 지진을 본진으로 보고 있다.지진조사위원회는 전진이 히나쿠 단층대, 본진이 후다가와 단층대의 활동에 의한다고 평가하고 있다.