학술연구에 이용하는 해양연구선의 항해일수가 크게 감소하고 있는 것이 일본 학술회의 정리로 나타났다.지구온난화 방지나 배타적 경제수역에서의 해양자원 개발 등 해양연구의 중요성이 높아지고 있는 만큼 일본학술회의는 연구항해일수 확보가 급무라고 호소하고 있다.
일본학술회의에 따르면 해양연구를 위한 공모형 연구 항해일수는 2009, 2010년도에 연간 1,200일 이상 있었지만, 2013, 2014년도에 800일 정도까지 감소했다. 2016년도는 500일에 못 미친 수밖에 예정되어 있지 않다.이 중 학술연구선의 항해일수는 2004년도에 연간 285일이었던 반면, 2015년도에는 ‘백봉마루’가 157일, ‘신청환’이 176일로 줄어들었다.다른 해양연구선도 거의 같은 상황이다.학술연구선 이외에서 공동조사 등에 이용되는 해양연구선의 2015년도 운항일수는 2009년도의 거의 절반 정도까지 떨어졌다. 2016년도의 항해 예정일수는 「카이레이」 「요코스카」를 합쳐 50일 정도, 「미라이」로 100일 정도이다.
운항일수 감소로 공모형 연구항해 채택률도 감소의 일도를 따른다. 2013년도까지 60~80% 있었던 '담청환'과 '신청환'의 채택률은 2014년도부터 3년간 36~44%로 떨어졌다.연구 항해 공모에 대체 조치가 없고, 공모의 불채택은 연구의 단념으로 이어질 수 있다.
일본 학술회의는 공동이용의 학술연구 선항해가 대학원생의 교육장이 되었기 때문에 해양국가를 지지하는 인재육성을 할 수 없게 될 것이라고 걱정하고 있다.또한 일본의 지구환경연구의 이니셔티브를 잃을 수 있는 사태로 학술연구선에서 연간 200일, 기타 해양연구선에서 150일의 항해일수 확보를 국가에 호소하고 있다.