2021년 4월 8일 일본 학술회의는 조직 재검토에 관한 보고서 서안을 정리해 총리관의 현재 모습이 '내셔널 아카데미'로서의 기능을 발휘하는데 있어서 바람직하다고 결론지었다.스가 요시히데 총리가 회원 후보의 임명을 거부한 것을 발단에 조직의 본연의 자세를 재검토하고 있었던 것으로, 4월 21일부터 시작되는 총회에 자문해 최종 결정한다.
보고서안에 따르면 일본학술회의 조직은 국가기관이면서 법률상의 독립성이 담보된 뒤 일본을 대표하는 학술기관으로서 공적인 지위와 권한을 부여받아 국가 예산조치 로 안정된 재정기반이 확보되고 있는 등으로서 현행의 형태가 일본학술회의로서 그 역할을 하는 데 어울린다고 주장. "이것을 바꾸는 이유는 보이지 않는다"고 했다.
국가로부터 독립하는 경우 정부의 사업을 분리, 독립시킨 독립행정법인이나 사회복지법인, 종교단체 등이 대상이 되는 공익법인은 부적절하다고 판단했다.특별법으로 설립하는 특수법인은 검토의 여지가 있다고 하고 있지만, 상당한 준비기간이 필요하고, 새로운 법정비, 재정적인 과제가 생긴다고 한다.
이 밖에 해외를 향한 정보 발신 강화와 회의 내 의사 형성 프로세스 개혁, 회원 전형 프로세스 재검토, 사무국 기능 강화 등을 과제로 내세워 대응책을 제시하고 있다.
스가요시 총리가 2020년 회원 후보의 임명을 거부한 것을 발단으로 정부와 자민당은 일본 학술회의에 대해 정부기관과 독립적인 형태를 검토하도록 요구하고 있었다.이번 보고서서안은 그에 대한 답변의 의미를 갖고 카지타 다카아키 회장들이 이노우에 신지과학기술담당에게 설명을 마치고 있다.
