문부과학성은 외국인 유학생의 재적관리가 적정하게 이루어지지 않은 대학이나 고등전문학교에 대한 지도 지침을 만들었다. 문과성과 출입국 재류관리청이 정리한 외국인 유학생의 재적관리 철저에 관한 새로운 대응방침과 교육미래창조회의의 제2차 제안을 받은 조치로 대상이 되는 대학 등에 소재 불명의 유학생들 의 정기 보고를 요구한다.
문과성에 따르면 매년 5월 1일을 기준일로 한 1년간의 퇴학자, 제적자, 소재 불명자 비율이 외국인 유학생의 5%를 넘은 대학 등이 지도 대상이 된다. 기준일에 외국인 유학생 수가 19명 이하인 경우에는 퇴학자 등의 수가 1을 넘으면 대상에 들어간다.
학생은 정규과정인지 비정규과정인지를 불문한다. 대상 대학 등으로부터 퇴학자, 제적자, 소재 불명자에 대해 매월 정기 보고를 받고, 필요에 따라 서면 조사나 청문회를 실시한다. 결과는 대학 등에 서면으로 통지함과 동시에 문과성이 공표한다.
대상교가 3년 이상 이어지는 대학 등은 재적관리 비적정교로 지정된다. 재적관리 비적정교에 신규 유학하는 학생의 재류자격은 상황이 개선될 때까지 법무성이 부여를 정지한다.
2019년에 도쿄 복지대학에서 학부연구생들의 유학생 약 1,600명이 소재 불명이 되어 있는 것으로 밝혀져, 문과성이 유학생의 수용 정지를 지도했다. 소재 불명이 된 유학생의 일부는 취업 목적으로 일본에 온 것도 판명되어 문과성과 법무성에서 대응이 진행되어 왔다.
