후쿠시마대학, 나라교육대학, 야마가타대학의 공동연구그룹은, 나라시내의 사슴의 혈연관계를 DNA 해석으로 조사해, 관리지구의 사슴의 유래나 교배의 상황을 조사했다.
나라 공원의 야생 일본 지카는 중요한 관광 자원이지만, 나라시에서는 사슴에 의한 농업 피해가 다발. 시내를 보호 지구·관리 지구·완충 지구의 3 에리어로 나누어, 관리 지구에서는 피해 대책으로 포획 사업을 진행해 왔다. 그러나 관리지구 사슴이 어디에서 왔는지는 불분명했다.
그래서 연구 그룹은 보호 지구와 관리 지구에 서식하는 사슴의 혈연 관계와 혈연 개체의 분포를 DNA 해석으로 조사했다. 보호지구에서는 나라공원의 2지점(대불전 앞과 히화노)과 나라교육대학 구내 일본 지카의 대변 30개 체분을 채취. 관리지구(오야나기, 타하라, 도리, 세이카, 사가와, 야나기)로부터는, 포획한 137개체의 근육 샘플을 나라현으로부터 제공을 받았다.
그 결과, 보호지구 내에서는 대부분이 나라 공원 독자적인 유전적 특징을 가진 개체였지만, 시외에서 들어가고 있을 가능성은 높다. 한편, 관리지구에서는 나라시외에서 이입한 복수계통의 사슴이 존재하고, 보호지구 유래라고 생각되는 독자적인 유전적인 특징을 가진 개체와 혼재하고 있었다. 특히 완충지구 주변 지역에서는 나라공원 독자적인 유전적 특징을 가진 개체와 나라시외에서 사슴과 교배하고 있는 것으로 나타났다.
나라 공원의 사슴은 1000년 이상 고립되어 독자적인 유전적 특징을 남겨왔다고 한다. 그러나, 현재의 나라시내외의 사슴의 증가와 분포의 확대에 의해, 나라 공원의 사슴 집단의 장기간의 고립이나 유전적 독자성 등이 변화하고 있는 현상이 나타났다. 향후 '장기적으로 무엇을 지키고 싶은가'의 논의와 '나라의 사슴'의 보호관리나 천연기념물로서의 존재 방식에 대해 사회적 합의가 필요하다.