대학 공동 이용 기관은 「국공 사립 모든 대학의 공동 이용 연구소」(문부 과학성).전국의 연구자에게 공동 이용·공동 연구의 장을 제공해, 개별의 대학에서는 어려운 연구에의 대처와 신이념의 창출에 관련되는 핵심 거점.현재 국립 천문대와 소립자 원자핵연구소 등 문화, 자연과학, 에너지, 정보에 걸친 19개의 시설·연구소가 있다.

　이번 제언에서는 노벨상 수준의 고수준 연구력 유지 강화에는 대형 프로젝트의 추진이 급무로 되어, 개인의 연구를 비약시키는 체제와 대학의 틀을 넘은 국가 수준의 연구 전개가 중요하다고 지적 .그 때문에, 현재의 대학 공동 이용 기관의 조직 구조나 설치 상황을 시대에 따른 구조로 바꾸고, 동시에 국립 대학과 동 기관을 조합한 대학 시스템 전체의 설계가 필요하다고 한다.

　이에 따라 대학 공동 이용기관이 안고 있는 과제와 대처를 지적하고 있다.우선, 각 대학에 대한 정보 발신력이 약하고, 데이터 공개나 연구 성과의 권리 취급, 공동 연구나 설비 이용에 관한 채택 요건의 명확화 등의 주지 활동과 시스템 구축을 요구하고 있다.인재육성에 관해서는 국내외 연구기관과의 네트워크를 활용하여 연구의 활성화와 인재의 유동성 향상을 도모할 필요가 있다고 한다.재정면에서는 운영비 교부금이 삭감되는 가운데 새로운 구조 구축에 의한 재원의 다양화, 또한 문부과학성에는 각 관계국의 틀을 넘은 예산 최적화를 요구하고 있다.